Illustratorで分割パスがずれてしまう場合、パスファインダーオプションの精度を最小値に設定することで解決できます。

ズームしてみるとパスがずれている

ズーム100%ではわかりづらいですが、1000%以上に拡大してみるとパスがずれていることがあります。

パスファインダーパネルからオプションを選択

パスファインダーパネルからパスファインダーオプションを選択する。

パスファインダーパネルが見当たらない場合は、【メニューバー】→【ウィンドウ】→【パスファインダー】

精度を最小値にする

Adobe illustrator ver.28.0では最小値は0.001ptのようです。
（0ptを入力しても0.001ptに変換されます。）